Παρόλο που τα ποσοστά επιτυχίας της ενδοδοντικής θεραπείας είναι αρκετά αυξημένα, υπάρχουν φορές όπου αυτή χρειάζεται να πραγματοποιηθεί εκ νέου. Αυτό συμβαίνει σε περιπτώσεις όπου παρατηρείται νέα μόλυνση του δοντιού, λόγω βαθειάς τερηδόνας ή σπασίματος της αποκατάστασης, ή σε περιπτώσεις όπου η επούλωση μετά την αρχική ενδοδοντική θεραπεία είναι ανεπαρκής. Τα παραπάνω έχουν ως αποτέλεσμα να υπάρχει πόνος, πιθανό οίδημα και ακτινογραφική εικόνα φλεγμονής.
Επανάληψη της υπάρχουσας ενδοδοντικής θεραπείας μπορεί να χρειαστεί, ακόμα, σε περιπτώσεις όπου κατά την αρχική ενδοδοντική θεραπεία έχουν χρησιμοποιηθεί παλιότερα, μη αποδεκτά πλέον υλικά (π.χ. κώνοι αργύρου) και πρόκειται να τοποθετηθεί νέα προσθετική αποκατάσταση στο δόντι.
Η επανάληψη της ενδοδοντικής θεραπείας αποτελεί μια σύνθετη αλλά προβλέψιμη διαδικασία. Συνίσταται στην αφαίρεση της αποκατάστασης του δοντιού (σφράγισμα, άξονας, θήκη, γέφυρα), έτσι ώστε το δόντι να καθαριστεί σωστά, στην απομάκρυνση των παλιών εμφρακτικών υλικών από τους ριζικούς σωλήνες, στον εκ νέου καθαρισμό τους με τα ειδικά μικροεργαλεία και διαλύματα και στην έμφραξή τους. Όλα τα στάδια διενεργούνται υπό μεγέθυνση μέσω του οδοντιατρικού μικροσκοπίου.
Η επανάληψη της ενδοδοντικής θεραπείας μπορεί να πραγματοποιηθεί σε μία, δύο ή περισσότερες συνεδρίες ανάλογα με την παθολογία και τη δυσκολία του εκάστοτε περιστατικού. Μετά το τέλος της κάθε συνεδρίας δίνονται στον ασθενή οι απαραίτητες οδηγίες και μετά την ολοκλήρωση της ενδοδοντικής θεραπείας ο ασθενής παραπέμπεται στον οδοντίατρό του για την οριστική αποκατάσταση του δοντιού.