Σε περιπτώσεις όπου η συντηρητική θεραπεία αποτύχει και η επούλωση κρίνεται ανεπαρκής, υπάρχει η επιλογή της μικροχειρουργικής ενδοδοντίας. Η χειρουργική αυτή προσέγγιση μπορεί να χρησιμοποιηθεί είτε διαγνωστικά, για να αποκαλύψει τυχόν ρωγμές ή κατάγματα στα δόντια, που δεν μπορούν να απεικονιστούν στις ακτινογραφίες, είτε θεραπευτικά, αφαιρώντας τους φλεγμαίνοντες ιστούς. Η ακρορριζεκτομή με ανάστροφη έμφραξη αποτελεί την συνηθέστερη χειρουργική επέμβαση στην ενδοδοντία.
Κατά την ακρορριζεκτομή πραγματοποιείται τομή στα ούλα προκειμένου να αποκαλυφθεί η ρίζα του δοντιού και οι φλεγμαίνοντες ιστοί που την περιβάλλουν. Γίνεται αφαίρεση των ιστών αυτών, καθαρισμός της περιοχής και αποκοπή των τελευταίων χιλιοστών της ρίζας του δοντιού. Ακολουθεί ανάστροφος καθαρισμός στο εσωτερικό του δοντιού και έμφραξή του με βιοσυμβατά υλικά. Τα ούλα επαναφέρονται και συρράφονται στη θέση τους. Όλα τα στάδια διενεργούνται υπό μεγέθυνση μέσω του οδοντιατρικού μικροσκοπίου.
Ολοκληρώνοντας, δίνονται στον ασθενή οι απαραίτητες μετεγχειρητικές οδηγίες για την αντιμετώπιση του πιθανού οιδήματος και του ήπιου πόνου που μπορεί να προκύψει. Τέλος, ο ασθενής ενημερώνεται για το σύστημα των επανεξετάσεων που πρέπει να ακολουθηθεί έτσι ώστε να παρακολουθείται η επούλωση της περιοχής.